Im Rahmen des Projekts Qualitätssicherung Darmkrebsvorsorge ist eine jährliche Hygienekontrolle vorgesehen. Die Richtlinien für diese Überprüfung wurden in Anlehnung an die derzeit geltende Richtlinie zur Aufbereitung von Endoskopen gemäß dem Erlass BMAGS 204.509/31/VIII/A/8/98 vom 21.12.1998 verfasst.
Werden Endoskopien nicht im Ordinationsbereich (z.B. Belegsärztinnen und Belegsärzte) durchgeführt, so ist keine separate Hygienekontrolle nötig. Diese wird routinemäßig von der jeweiligen Krankenanstalt durchgeführt.